biomonthy,biopython教程

　　Biopython与bioperl、biojava项目一样，是开放生物信息学基金会组织的项目之一，旨在提供一个编程接口，以方便生物信息数据的处理。OBF的成员项目如下

　　基于python这种简单易学的编程语言，biopython提供了一系列处理常见生物信息任务的接口，可以具体完成以下任务

　　1.读写常用文件格式，如fasta，blast等。

　　2.集成常用软件，如blast、clustalw

　　3.搜索和分析常用的生物信息学数据库，如NCBI、瑞士和PDB。

　　4.进化树的构建

　　5.基因组数据的可视化

　　Biopython采用面向对象的开发模式，将每个功能封装成不同的类。学习biopython就是学习不同的类和他们的方法的过程。为了方便管理源代码，按照不同的功能划分为不同的子模块。常用的子模块如下

　　1.生物。Seq，它提供了Seq类，即生物序列对象，最常见的是碱基或核酸序列，比如存储在fasta文件中的序列。

　　2.生物。SeqRecord，它提供SeqRecord类并包含序列的注释信息，例如fasta文件中的序列标识符。

　　3.生物。SeqIO，它提供了读取不同格式的序列文件的解析方法，比如fasta/genebank和其他格式。

　　4.生物。Align，它提供了MultipleSeqAlignment对象和读取具有多个序列比率的输出结果文件的方法。

　　5.生物。Blast，它提供了运行blast比较软件的方法和分析blast输出结果的方法。

　　6.生物。Entrez提供了NCBI Entrez系统的接口，可以查询、搜索、下载和分析数据库中的内容。

　　7.生物。SwissPort提供了Swiss-prot数据库的接口，可以查询、搜索、下载和分析数据库中的内容。

　　8.生物。PDB提供了PDB数据库的接口，可以对数据库中的内容进行查询、搜索、下载和分析。

　　9.生物。Phylo，它提供了各种查看进化树和可视化的方法。

　　10.生物。图形，提供了基因组数据的可视化功能。

　　通过学习biopython，我们不仅可以学习它处理各种任务的具体语法，还可以学习它的源代码的组织结构，提供我们的编码能力。在后续文章中，将详细介绍常用模块的用法。

　　目标

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